›

Bài giảng Thực hành dịch tễ học thú y - Lê Thanh Hiền

pdf 62 trang hapham 2690
Download
Bạn đang xem 20 trang mẫu của tài liệu "Bài giảng Thực hành dịch tễ học thú y - Lê Thanh Hiền", để tải tài liệu gốc về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên

Tài liệu đính kèm:

  • pdfbai_giang_thuc_hanh_dich_te_hoc_thu_y_le_thanh_hien.pdf

Nội dung text: Bài giảng Thực hành dịch tễ học thú y - Lê Thanh Hiền

  1. 8/25/2009 Thčchànhdçch tá hécthúy .8Y.:J. 1ÝJ MācTiêu • Gi÷ithiãu chung mõtsí phÃnmÝmsĉ dāng trong dçch tá »PhÃnmÝmqu¿nlýsí liãu »PhÃnmÝmthíng kê • Sĉ dāng các phÃnmÝm trong phân tích dçch tá héccƒ b¿n » Phân tích 7ƒnbiÛn » Phân tích 7abiÛn • Làm quen v÷iphÃnmÝmR 1
  2. 8/25/2009 Ch…ƒng trình  Ngày 1  Gi÷ithiãu  Qu¿nlýsí liãubÍng EpiData  Gi÷ithiãuphÃnmÝmthíng kê STATA  Ngày 2  Các nghiên cąudçch tá  Các 7½il…ÿng sĉ dāng trong nghiên cąudçch tá  Dùng STATA 7ß tính các 7½il…ÿng dung trong nghiên cąudçch tá  Phân tích 7abiÛnbÍng Logistic  Bài tÉp  Ngày 3  Th¿oluÉnvÝ bài tÉp  Gi÷ithiãuphÃnmÝmR  ThiÛtlÉpb¿n 7ï nguy cƒ bÍng R  SaTScan 7ß xác 7çnh cluster trên b¿n 7ï dçch tá . ]7LLR1H. V8=1IRQ8HQIL 2
  3. 8/25/2009 $;7  Qu¿nlýsí liãu 7iÝutra dçch tá 3
  4. 8/25/2009 Sƒ7ïnghiên cąu @Ótgi¿ thiÛt ThiÛtkÛ kh¿o sát, thí nghiãm Kißmchąng Thu thÉp, qu¿nlýsí liãu Ąng dāng thčctián Xĉ lý sí liãu KÛtluÉn āH 1Y% :%@.1.Q;J .;J.].ÃJ .čH É]J;75H<HÙ7 8 1ß%7…ÿc H<H .;J.].ÃJHă:R: :G:V 8 "1Û H<H. .1Û @Û `C: R`1CVR: :G:VGÍJ$H<H.ĉ RāJ$ ']1(: : 8 1ß%7…ÿc H<HJ$%7YJ ËHHă:R: :G:V 8 "1Û 7…ÿc H<H].…ƒn$].<]@.<HJ.:%7ß 1I]Q`  R: :0;QH<H].ÃJIÝI .íJ$@Y 4
  5. 8/25/2009 -çJ.J$.5: • ã .íJ$_%¿JC9(: :G:V – (: :G:VQ` 1:`V • (: :G:V – >QCCVH 1QJQ`R: : Q`VR1JQIVQ`$:J1 É].ÿ]H<HRċ C1ã%H.ą: `QJ$ J.ċJ$R½J$HS ñ H.ąH? <H.2J. .ąHC…% `ċ R: : BiÛn (Variables = Fields) Mã xác 7çnh (Unique identifier = primary key, id) Dċ liãu quan sát (Records) 5
  6. 8/25/2009  .1H.'J.ċJ$ .:77ñ1 8 -çJ.@8G:H@%]R: :V  8 8½QR: :V 7ß ].=J 3H. 8 E…% `ċ R: :G:VG:J7Ã%0;R: :G:VH%í1H&J$0; `1CV].=J 3H. -çJ.J$.5:G1ÛJ78YJG1ÛJ • 8YJ $ÿ19J$.5:Hă:G1ÛJ • í @9 č7 I:6 [í7çJ. J$%7YJ ËH 7Ó  YJ • 3 Rā ^R: V5R: V96GCQQR5GCQQR9_ • :.éJ$ 7…ÿc GË 7Ã%GÍJ$ RÁ%3559 • ( J7 – (: :V  – :`1:GCV – :`1:GCV0:C%V 6
  7. 8/25/2009 -çJ.J$.5:G1ÛJ7-çJ.R½J$0;$1÷1 .½JH.Q].X] • (: :R1H 1QJ:`7        • -í10÷1Ió1G1ÛJ       – 87]V – RQ`I:     • R`VV V6 ^IVR1H: 1QJ        _ • "1J:`70:`1:GCV     ^IVR1H: 1QJ7VQ`       JQ_ – SV`I11GCV0:C%V !  " #$     % &   [;$%7YJ ËH '       ( ) * +   R'8$8YJV$: 10V   • 11J$0:C%V õ í R½J$R: :G:V       '    $   ,    '    * -  *    ,    *       '   $ *  -  * ,        '   $ *  -    .* $-  * /   !    - $ *  .* $-  -    * . - $ *   $ .     )  )   -     7
  8. 8/25/2009 (: :G:V          !0- *  !0- * ,  *  1   *   )2 *  ,  *  #*3 0   *  RC: R`1CVR: :G:V • 8Á H¿ .TJ$ 1J `QJ$G¿J • (: :H.ą: `QJ$H 1÷1.½Jĉ RāJ$ `QJ$R: :G:V].=JJ.<J. 8
  9. 8/25/2009 8`<J.ĉ RāJ$]`V:R.VV  Tên cõt không duy nhÁt Age vćad½ng sí lÇnd½ng chuói NhiÝud½ng format căa date %Á LJ.É]R: :0;QH<H : 1 1H:C Q` 1:`V • %Á R: : ć R: :G:VTß J.É]0;QH<H].ÃJIÛI .íJ$@Y • ']1(: : Q^ : :5S5_5R: ::JRC:GVC • J7R: :G:VT 8 6 Q`8H0`1CVT  : ]:H@:$V 9
  10. 8/25/2009 >1÷1 .1ã%].ÃJIÝI 'SY(8C;$2 • EpiData là phÃnmÝmhó trÿ nhÉpvàqu¿nlýsí liãu, 7…ÿclÉptrìnhbûiBács Jens M.Lauritsen, ng…ùi @an M½ch. •PhÃnmÝm này 7ã 7…ÿcsĉ dāng lÃn 7Ãutiên cho mõt J$.1YJHą%RçH. á .éH>S.RJ$H.íJ$ :1 J½J?8 •Ýt…ûng căang…ùi phát trißnphÃnmÝm EpiData là viãct½oramõtphÃnmÝmnhÉpliãu mián phí, giao diãnng…ùi dùng thân thiãn, dá sĉ dāng 10
  11. 8/25/2009 •EpiDatalàs¿nphÃn hoàn toàn mián phí, ng…ùi sĉ dāng có thß t¿ich…ƒng trình cài 7Óttć trang Web • EpiData có thß ch½ytrêncácmáytínhcài7Óthã 7iÝu hành Microsoft Windows .QÓH:H1J Q.8 • Epidata có thß xuÁtsí liãu sang nhiÝud½ng khác nhau 7ß sĉ dāng cho phân tích sí liãu bÍng các phÃnmÝmnh Stata, Spss, .v.v. (½J$`1CV `QJ$V]1R: : • R1CVR½J$ 8_V – R1CV .1Û @Û G¿J _%V 1QJ:1`V [ R1CVR½J$ 8`VH – R1CVJ.É]0;C…% `ċ Rċ C1ã% • R1CVR½J$ : 11
  12. 8/25/2009 :1ß%Rċ C1ã% 12
  13. 8/25/2009 1;%J%IGV` •Chuói 7çnh d½ng là •Mõttr…ùng sí liãu 7…ÿc khai báo kißuID number thì giá trç sí liãucăatr…ùng sÙ7…ÿctč 7õng nhÉp khi nhÉpsí liãu. Ng…ùisĉ dāng không 7…ÿcnhÉpgiátrç cho tr…ùng này. • R7Y(Q .% %].QJ$0:J\Y(;] 1;% %IV`1H •Chuói 7çnh d½ng sĉ dāng kí tč #, ví dā ###, hoÓc ###.###, hoÓc ########, .QÓH338333380808 •Tr…ùng 7…ÿc khai báo kißusí chå chÁpnhÉnsí liãunhÉpvàoû d½ng sí. • @õ rõng căatr…ùng 7…ÿcxác7çnh bÍng sí kí tč # 7…ÿc khai báo. •Kíchcý l÷nnhÁtsí liãunhÉpvàomõttr…ùng có kißusí là 14 chċ sí gïmc¿ ký tč (“.”)ng;ncách phÃnsí nguyên và phÃnthÉp phân v÷isí thÉp phân. 13
  14. 8/25/2009 1;%V6 •Chuói 7çnh d½ng là sĉ dāng ký tč “_” hoÓc •Chuóiv;nb¿nnhÉpvàocóthß gïmcáckýtč a, b, c, và kß c¿ các chċ sí. • @õ rõng căatr…ùng l÷nnhÁtlà80kítč. • Khi khai báo móidÁu“_”t…ƒng ąng v÷i khai báo cho mõtkítč. • R7Q VJZZZZZZZZZZZZZZZZZ • 1;%]]V`RH:V V6 –Chuói 7çnh d½ng là , hoÓc –Tr…ùng 7…ÿc khai báo kißu Upper-case text thì sí liãunhÉpvàotr…ùng này 7…ÿchißulà d½ng v;nb¿nvà7…ÿctč7õng chuyßn sang d½ng kí tč viÛt hoa. – @õ rõng căatr…ùng t…ƒng ąng v÷isí kí tč “tríng” (dÁu cách) giċa hai dÁu“ ]?8 14
  15. 8/25/2009 1;%QQCV:J • @ây là kißudċ liãu logic. •Tr…ùng 7…ÿc khai báo kißu này chå chÁp nhÉngiátrç YhoÓcN(c:ng có thß chÁp nhÉnsí 0hoÓc1) • huói 7çnh d½ng là 1;%: V •Chuói 7çnh d½ng là , hoÓc , hoÓc \7777LIILRR] • 1;% QR:7;R: V –Chuói 7çnh d½ng là , hoÓc , hoÓc –Mõttr…ùng 7…ÿc khai báo kißu Today’s date sÙ7…ÿctč7õng 7iÝn vào giá trç J$;7.1ãJ ½1 ^J$;7Hă:I<7 3J._@.1J.É]C1ã%8 15
  16. 8/25/2009 1;%Q%JRV6 •Kißu Soundex là kißudċ liãu mã hóa. Sí liãu nhÉpvàotr…ùng này sÙ7…ÿc Epidata tč7õng mã hóa (chuyßn sang mõtgiátrç khác) theo quy luÉt mã hóa căa Epidata tr…÷ckhil…uvàocƒ sû dċ liãu •Chuói 7çnh d½ng là ;1TÓ ']1R: : • û Hĉ:ñ `2J.R%7ã YJ V`JV '6]CQ`V`0;Q `:J$ 1VG1118V]1R: :8R@50;QIāH(Q1JCQ:R^$V `1CV_8 •Chén liên kÛt Epidata Entry 7ß nh¿y 7ÛnphÃn Epidata Entry •Chénmāc Complete setup 7ß bËt 7Ãut¿itãp ch…ƒng trình cài 7ÓtvÝ máy tính. • 81ÛJ.;J.1J :CC 16
  17. 8/25/2009 ÷ãÃ Ý 17
  18. 8/25/2009 •PhÃnmÝmxĉ lý thíng kê căa StataCorp • Ý ngha là "statistics" and "data“ • @…ÿcsĉ dāng ngày càng rõng rãi vì kh¿ n;ng phân tích m½nh và dá sĉ dāng, bên c½nh 7ócóthß lÉp trình và giá thành r× •NhiÝuchącn;ng phân tích ąng dāng trong dçch tá Tài liãu Tham kh¿o • . ]7LL1118: 8%HC:8VR%L : L : :L • :JRGQQ@Q` : 1 1H:CJ:C7V1J$  : : "7Q].1:`:GVRV@V .5"`1:J8'0V`1 18
  19. 8/25/2009 Cài 7Ót STATA Các thành phÃncăa STATA • QII:JR • `V%C • `V01V1 • :`1:GCV • (: :VR1 Q` 19
  20. 8/25/2009 Mõtsí vÁn 7Ý • Thao tác căa Stata có thß7…ÿcthčchiãn thông qua 2 kißu – graphical user interface (GUI) – command line • Do-file •log  , 1. NhÉptrčctiÛp 2. NhÉptć gián tiÛp 20
  21. 8/25/2009 NhÉptrčctiÛp •T½obiÛnbÍng lãnh genenate = gen •NhÉpsí liãubÍng lãnh edit • Label biÛn •T…ƒng tč thčchiãn thao tác bÍng GUI NhÉpgiántiÛp Các phÃmmÝm qu¿nlýsí liãu PhÃmmÝm thông th…ùng - Excel, Access Text file PhÃmmÝm chuyên dùng - Epidata, survey toolbox 21
  22. 8/25/2009 8.:Q 50 | id ==2 • Ghi chú: “&” ngha là “And”, “|” ngha là “Or”, v à “~=” hay “!=” à “not equal”; “==” 7…ÿcsĉ dāng trong lãnh if • Dùng lãnh save 7ß l…u thành file lab2.dta và lãnh clear 7ß 7óng. • Xem nõi dung file lab_merge.dta • Níi lab2 và lab_merge.dta – IV`$V1R%1J$>7P888PIV`$V8R :5%J1_%V – >Y7(: :]HQIG1JVR: :V ]IV`$V 1QR: :V ] Mõtsí lãnh khác • Codebook • summarize và bysort – Summarize – summarize, detail – summarize weight, detail – bysort sex: summarize weight – GUI: Data > Describe data > Summary statistics >Nh%p weight cho “variables” và n“Repeat commands by group” chEn“sex” 22
  23. 8/25/2009 • tabstat weight, by(sex) columns(variables) • GUI: Statistics > Summaries, tables, and tests > Tables > Tables of summary statistics (tabstat) > chEn weight cho “variable” và “group statistics” b)ng sex. Bißu 7ï • histogram weight, percent by(barn) • GUI: Graphics > Histogram > chEn “weight” là bi7n chính(Main tab), “percent” cho tr]c y (Main tab), và “barn” nhE là bi7n phân lEai (By tab) 23
  24. 8/25/2009 VÁn 7Ý khác •L…u graph • log , copy cĉasñ result • cd "C:\ \“ 7ß cài 7Ótth māchiãn hành •ThčctÉp do-file – Dùng “*” 7ß phân biãt câu không lãnh – Dùng “/” 7ß báo hiãucâulãnh xuíng dòng $;7  24
  25. 8/25/2009 8.čH.;J. !æ" à è" "ƒ #¿J • (çH. á .éHC;ITJ.éHJ$.1YJHą%0Ý Ií1 C1YJ_%:J$1ċ: <HJ.=J$=7GãJ.57Û% í `%7ÝJC=75IT1 `…ùJ$0;0É H.ă 25
  26. 8/25/2009 • 8.VQE: ^ _5 CH. = .EHC;ITJ.EHaJ$R]J$ .IJ$@Y 0; J.19%J$;J.@.Q:.EH@.<HT; J$.1YJHa%09  ].=JGI G?J.5H<H77% I C1YJ_%:JT7J G?J. `QJ$IQ _%J .; 6<HTCJ.8`J$R]J$ `QJ$01?H6<HTCJ.J$%7YJJ.=J$=7G?J.0; @1;IQ< RCH.G?J. <HJ$.1YJHą%RçH. á .éH • !çH. á .éHIT ¿ ^RVH`1] 10VV]18 %R7_ R 1-<1$2-û T=%-:.1J;Q- • !çH. á .éH].=J 3H.^:J:C7 1HV]18 %R7_ R;. .Û J;Q-8½1:Q U .3J$.1ãI UJ$.1YJHą%_%:J< 26
  27. 8/25/2009 Ý ngha Nh thÛ nào? T½i sao? Cái gì liên quan? ¿ û -Cái gì Cái gì nh h ng? - û7âu -Thùi 7ißm nào -Nh thÛ nào (bao nhiêu, ít – nhiÝu) Mô t¿ Phân tích )ôì * +, ,â)-. /!æ" à è")0¾ • 8å Cã GãJ. ^]`V0:CVJHV_ • 8å Cã IËHGãJ.^1JH1RVJHV_  C? I'HG?J. 3H.C)7 ^%I%C: 10VYJH1RVJHV7Y_ IHTQ I'HG?J. ^YJH1RVJHV(VJ1 7`: V7Y`_ 27
  28. 8/25/2009 1. Tđ lã bãnh (prevalence) – T l? b?nh, t l? nhi=m. – Là sI con thú có cùng tính cht 7ang khosát (b?nh, nhi=mb?nh, mang trùng, có rIilon btthEUng v9 sackhGe ) trong mQtqun th; timQtthUi 7i;mnht 7Cnh chia cho tMng sI thú trong qunth;7ó. – @ilE[ng này thEUng 7E[c tính theo phn tr;m. Sí thú mËcbãnh x 100 P(%)= Tñng sí thú trong quÃnthß t½imõtthùi 7ißmnhÁt 7çnh 28
  29. 8/25/2009 •  C? I'HG?J. 3H. C)7 ^Y_C; đ Cã $1ċ:í .' IËHGãJ. `QJ$ Iõ @.Q¿J$ .ù1$1:JJ.Á TçJ. 0; í HQJ .' @.ëVHSJ$%7Hƒ IËHGãJ. `QJ$ _%ÃJ .ßûTÃ% .ù1$1:J@.¿Q Y7 : 1 1H]%II:`1V5 :GCV5 V ]HC:1H:C V ] 81Q$`Q%]]`Q]Q` 1QJ V 29
  30. 8/25/2009 !æ" à è"1 2 3" ^)í1_%:J.ã $1ċ:7Û% í J$%7Hƒ 0;GãJ._ Các yÛutí tác 7õng 30
  31. 8/25/2009 [ $%7HC C;@. JAJ$HS .; I'HIQ G?J. J;QTS5J$%7HC TE[HTCJ.J$.5:C;6 .Q1888_$S]].J0;Q01?HC;IH.Q HC .; T:J$@.Q3 IJ. `W JYJI'HG?J. .277% I TSTE[H$E1C;77% I J$%7HC8 -QC…ùJ$Ií1_%:J.ã Tß T<J.$1<7Û% í J$%7Hƒ 31
  32. 8/25/2009 • #ãJ. 0ć:HSJ$.5:C;GãJ.J.…J$TïJ$ .ù1 G:Q$ïIC%TJH<H0ÁJTÝ ąH@.ëVT…ÿH_%:J =I8 • .SI].ƒ1J.1áI ^ 1Û]6'H7Û% í J$%7Hƒ_ ^'U7V6]QVR$`Q%]_C;J.SIT…ÿH@.¿Q< č .1ãJR1ãJHă:GãJ.5 `QJ$TSH<HH< .ß TÝ%HS H.%J$7Û% í J$%7Hƒ83Rā J.SIJ$…ù1.'  .%íHC<8 • .SI@.TJ$].ƒ1J.1áI ^@.TJ$ 1Û]6'H7Û% í J$%7Hƒ_^'R7JQJRV6]QVR$`Q%]_C;J.SI @.TJ$HS 3J.H.Á 5.QÓH@.TJ$I:J$7Û% í J$%7Hƒ83Rā J.SIJ$…ù1@.TJ$.'  .%íH8 <H$1< `ç 3J. • đ í J$%7Hƒ .:7J$%7Hƒ ƒJ$Tí1^`VC: 10V `1@.:7`1@`: 1Q_^ _ • đ í Hă: íHTõ Tõ GãJ.^Y``71JH1RVJHV`: V`: 1Q_ • đ í H.YJ.^QRR`: 1Q_^.-_ 32
  33. 8/25/2009 <HJ$.1YJHą%RçH. á ].=J 3H. • ;$.1YJHą%7oàn .ã ^HQ.Q`  %R7_ • ;$.1YJHą%GãJ.H.ąJ$^H:VRHQJ `QC %R7_ • ;$.1YJHą%HË J$:J$ "<H.6<HTçJ. đ í J$%7Hƒ .:7J$%7Hƒ ƒJ$Tí1 ^`VC: 10V`1@.:7`1@`: 1Q_^ _ ) 33
  34. 8/25/2009 • ``\7Û% í J$%7Hƒ HSIí1_%:J.ã J$.çH.5 ąHC;Ií1_%:J.ã G¿Q0ã H.íJ$C½1GãJ.^03 Rā J. 0ËHR61J_ • ``Y7Û% í J$%7Hƒ @.TJ$HSC1YJ_%:JTÛJ GãJ. • ``]7Û% í J$%7Hƒ HSC1YJ_%:JTÛJGãJ. đ í H.YJ.^QRR`: 1Q_ •“Chênh” (odd) 7…ÿc 7çnh nghanh tđ phÃngiċa27Óc 7ißm trong mõt nhóm. Ví dā, trong mõt nhóm thú gïmn con trong 7ócóxconbãnh, chå sí odd căabãnh trong nhóm là x/(n-x). •Tđ sí chênh (OR) là tđ sí giċachå sí odd căa nhóm thú phƒi nhiámvàchå sí odd căa nhóm không phƒi nhiám. 34
  35. 8/25/2009 * @ánh giá OR = 1 b không có míi liên quan OR > 1 b có míi liên quan; yÛutí nguy cƒ có thß làm t;ng tå lã bãnh OR Y7 : 1 1H]>]18JR`VC: VR]:GCV `Q`V]1RVI1QCQ$1 ] 35
  36. 8/25/2009 •Û% í $=7J.1á%^HQJ`Q%JRV`_ 8`QJ$H<HJ$.1YJHą%RçH. á .éHIT ¿ CÇJ].=J 3H.5 J$…ù1 : .…ùJ$_%:J =ITÛJ7Û% í J.1á%I;C;I H.Q@Û _%¿ @.¿Q< $1ċ:H<H_%=J .ß HS .ß Gç¿J. .…ûJ$803Rā J. č ].=JGí 0Ý %ñ1$1ċ:_%=J .ß @.<HJ.:%C;IH.Q å Cã GãJ.Hă:H.'J$@.<HJ.:% J.…J$0Ý G¿JH.Á C; å Cã GãJ.$1ċ:.:1_%ÃJ .ß J;7 C; ƒJ$T…ƒJ$8 36
  37. 8/25/2009 -ß @.ËH].āH 2J. `½J$J;75J$…ù1 : .…ùJ$R&J$ H .1ã%H.åJ.8ąH@.<HG1ã  `YJ QH.Q .Á7@.¿ JAJ$C;7Û% í J.1á%8 R"YJH½J.TS5 `QJ$ .íJ$@YHS .ß R&J$ "`VCQ1R(:7 V Tß T<J.$1<IąHTõ ƒJ$TïJ$ Hă:.:1$1< `ç C1YJ_%:J.1ã%H.åJ.0;H.…:.1ã% H.åJ.8 37
  38. 8/25/2009 8.čH.;J.7áJ.$1 Y7 : 1 1H]>]18JR`VC: VR]:GCV `Q`V]1RVI1QCQ$1 ] *++,"-$ . /'(01    '(&&&#########"""""")))###"""&&&###))))))&&&&&&  '(#########"""###)))&&&""")))  $%!"""&&&###&&&  !"""###"""""""""          PHÂN TÍCH @ABIÚNBÌNG LOGISTIC 38
  39. 8/25/2009 CQ$1     8 8 8 8 1`QG:G1C 7  R R R R EJb]L^R]_cYQUS== 8`QJ$TS]C;6<H%Á Tß 6¿7`: 3J.H.Á  HÃJ6<HTçJ.^H.ÏJ$.½JJ. 6<H%Á HS GãJ._0;C;H<H7Û% í _%:J< HS¿J. .…ûJ$88å í ]L^R]_T…ÿH$é1C;URR Y]URRYVQUS== 39
  40. 8/25/2009 3Rā HUS: Hemolytic-uremic syndrome 40
  41. 8/25/2009 • -<J. $1< R-1Ý% `ç GÍJ$ @.<J$ 1J. C;I ;J$ QRRHă: 8CÃJ^V8_8 – '67QRRHă:GÍJ$ 8 CÃJH.QIó1 %ñ1 C÷J5.QÓH 8 CÃJH.Q@.Q¿J$  %ñ1 H.YJ. CãH.8 41
  42. 8/25/2009 @õ ý nghacăamôhình 1. Wald tests -Tå sí giċa coefficient (log odds scale) và standard error. - Có phân phíichuÅnz - Tests coefficient (log odds scale) bÍng “0” (Ho) - Không nên quá phā thuõc vào test này 8E1@VC1.QQR`: 1Q V  R> Q Q<J.IT.2J.`%CC0;IT.2J.J%CC8S ].=JGí H.1R_88…ƒn$ č R V  `QJ$;U R 5 Y^CJ7`%CCT CJ7`VR_8Q<J.IT.2J. `%CC0;IT.2J.`VR%HVR^JV VR_8YS:` 1:CR V 42
  43. 8/25/2009 43
  44. 8/25/2009 Chénlčamôhìnhtíi u •estatic7ß xem AIC căamôhình;AIC càng nhë càng tít • Mô hình càng 7ƒngi¿n càng tít C1JHQI 44
  45. 8/25/2009 Sĉ dāng biÛn liên tāc trong mô hình • @ánh giá xu h…÷ng bÍng lintrend hay lowess hay lintrend Y X, groups (#) plot(log) .%7ßJG1ÛJC1YJ āH .;J.G1ÛJ ].=JCQ½1 • :.TJ$HÃJ$1¿7çJ.6%.…÷n$ `QJ$IT .2J. • (á .čH.1ãJ • 8½QH<HG1ÛJ$1¿ ^R%II70:`1:GCV_ • -<J.$1< .VQ ćJ$CQ½1 • 8.:Q <H7HS .ß C;I .ă HTJ$.:7 č7õJ$ 45
  46. 8/25/2009 – 8.:77ñ1$1< `ç G:VC1JV • H.:`:$VZ_%:` `QI1 a • 61718:$VZ_%:` • S`VR1H ] ";1 É] 46
  47. 8/25/2009 $;7  Phân tích sí liãu và bißu 7ï bÍng 47
  48. 8/25/2009 • Do Ross Ihaka và Robert Gentleman - Tr…ùng 7½ihéc Auckland, New Zealand phát ho½ 1996 •RlàmõtphÃnmÝmsĉ dāng cho phân tích thíng kê và vÙ bißu 7ï • R là ngôn ngċ máy tính 7an;ng, có thß sĉ dāng cho nhiÝumāc tiêu khác nhau, tć tính toán 7ƒngi¿n, toán hécgi¿i trí (recreational mathematics), tính toán ma trÉn (matrix), 7Ûn các phân tích thíng kê phąct½p T¿iRxuíng và cài 7Ót vào máy tính  T¿ich…ƒng trình: Tài liãucÃnt¿ivÝ, tùy theo phiên b¿nRvàsí phiên b¿n (R-2.9.1-win32.exe)  T¿i package   @çachå7ßt¿i các package vÇn là: project.org, rïibÁm vào phÃn “Packages” xuÁthiãn bên trái căamāclāc trang web  Các package này có thß cài 7ÓttrčctuyÛnbÍng cách chén Install packages trong phÃn packages căaR  Lãnh library() 7ß biÛt các package 7ã download 48
  49. 8/25/2009 “V;nph½m” R 7íit…ÿng =1 pl÷nhƒnhoÓcbÍng 1 " 0; "^;(_ N" .QÓH"^U`_ * :.TJ$ C; ^;U8_ VSiR,ttc các câu ch hay l?nh sau kí hi?u#79u không có hi?u ang 49
  50. 8/25/2009 Cách 7Óttên7íit…ÿng trong R  :.TJ$ $1÷1.½J  S.=J G1ã H.ċ .Q: H.ċ .…ùJ$  :.TJ$ JYJ HS H 8?  8`<J. R&J$ `&J$ 0÷1 YJG1ÛJ `QJ$Rċ C1ã%5 YJ .;I .:7 YJ ]:H@:$V  (Á% $].=J H<H. $1ċ: YJTí1 ÿJ$0; YJ G1ÛJ `QJ$ Tí1 ÿJ$ TS  (: :  (: :$:$V Các d½ng 7íit…ÿng • VH Q`^0VH Q`_ • : `ÉJ^I: `16_ • "¿J$@.%J$^R: :``:IV_ • ¿J$^:``:7_ 50
  51. 8/25/2009 > weight c > is.vector(weight) > height plot(weight,height) > Mx colnames(Mx) rownames(Mx) Mx NhÉpb¿ng sí liãutć file text MyData save.image("C:\\Users\\ \Documents\\mydata") > save(MyData,Mx, file=""C:\\Users\\ \Documents\\mydata") ls() # liãtkêcác7íit…ÿng trong file > MyData glm1 <- glm(MyData$mastitis ~ MyData$milking + MyData$dipping + MyData$drying ,family=binomial) Summary(glm1) 51
  52. 8/25/2009 Thčc hành t½ob¿n 7ï nguy cƒ trong R • .É]C1ã%`1CV@R: 7 2J..2J.GãJ.$1¿ R½1 `YJ.VQHă: .õ H.;JJ%T1 ½1 åJ. ]:@\R `V:R8 :GCV^`1CV8H.QQV^_5.V:RV`Y8_ ].V:R^:@_ ]J:IV^:@_\R H^6575 : %_ ].V:R^:@_ • 8½QR: :V Hă:GãJ. ]:@]Q\R :@`:@$ : %YY5a ]:@]QI:]\R :@]Q`H^5_a ].V:R^:@]QI:]_ • 8½QR: :V Hă:@.TJ$GãJ. ]:@JV$\R :@`:@$ : %YY5a ]:@JV$I:]\R :@JV$`H^5_a ].V:R^:@JV$I:]_ 52
  53. 8/25/2009 • 8½Q 7…ùn$G1YJ $1÷1 6\R H^8  5 8 58  5 8 585 85 8 5  8 58 58 58 5 858 58 5  8 5 858 58  58 58 5 8 5  8  58 58 58 58 58 _ 7\R H^8 5 8 5 8 5 8 5 8 5 8 58 5 8 585 8 5 8 5 8 5 8 58 5 8 58  5 85 8 58  5 8 58 5 8 58 58 58  5 8 5 8 _ :@8]QC7 \R :8R: :8``:IV^HG1JR^657__ T½ob¿n 7ï phân bí • (Q1JCQ:R]:H@:$V]C:JH:%7ó CQ:R ]C:JH 11JRQ1^_ ]:`^] 7Y5HV6Y8_ ]Q1J I:]^:8]Q1J ^:@8]QC7_5HQCYR_ ]Q1J ^:8]Q1J ^:@JV$$65:@JV$$7_5]H.Y5HV6Y8 5 HQCY_ ]Q1J ^:@]Q$65:@]Q$75]H.Y 55HV6Y8 5HQCY_ ]QC7$QJ^:@8]QC75RVJ1 7Y_ 53
  54. 8/25/2009 Ph…ƒng pháp “Kernel smothing” 7ß t½ob¿n 7ï nguy cƒ • 8½Q`1CV71ßI`1YJ$H.QH:V0;HQJ `QC ] \R :8]Q1J ^:@]QI:]_3H:V]Q]%C: 1QJ ] \R :8]Q1J ^:@JV$I:]_3HQJ `QC]Q]%C: 1QJ ] \R :8]Q1J ^`G1JR^:@]QI:]5:@JV$I:]__3]Q]%C: 1QJ: `1@ 54
  55. 8/25/2009 T½ob¿n 7ï `1@I:]\R @V`J`: ^] 5] 5:8I: `16^:@8]QC7_5 .Y5.Y5J6Y 5J7Y_ 11JRQ1^_ ]:`^] 7Y5HV6Y8 _ ]Q1J I:]^:8]Q1J ^:@8]QC7_5HQCYR_ 1I:$V^`1@I:]$65`1@I:]$75R`1@I:]$<5HQCY .V: 8HQCQ`^_5:RRY8_ ]QC7I:]^:@8]QC75HQCY1.1 V5RVJY5C1RY 5 :RRY8_ ]QC7I:]^:@8]QC75HQCY5RVJY5C1RY5:RRY8_ HQJ Q%`^`1@I:]$65`1@I:]$75 `1@I:]$<5 :RRY85CV0VCYH^555 5 _5 C:GVCYH^5555 _5 C1RY5 C:GHV6Y5IV .QRY1I]CV50`QJ YH^:JV`1`5 GQCR__ 55
  56. 8/25/2009 Xác 7çnh vùng trung tâm dçch bÍng 56
  57. 8/25/2009 ChuÅnbç data trên R • û `1CV:R:  ]`08R: :\R `V:R8 :GCV^`1CV8H.QQV^_5.V:RV`Y8_ .V:R^]`08R: :_ ]`08$VQ\R]`08R: :`57a ]`08H:\R]`0`]`08R: :$SUYY5a ]`08H C\R]`08R: :`]`08R: :$SUYY5a • 8.YI .ù1$1:J ]`08H:$7V:`\R`V]^ 5CVJ$ .^]`08H:$SU__ ]`08H C$7V:`\R`V]^ 5CVJ$ .^]`08H C$SU__ L…uc7íit…ÿng thành file text 1`1 V8 :GCV^]`08$VQ57LR: :L]`08$VQ5`Q18J:IVY8`'5HQC8J:IVY RE'5_%Q VYR_ .V:R^]`08$VQ_ 1`1 V8 :GCV^]`08H:`57a57LR: :L]`08H:5`Q18J:IVY8`'5HQC8J: IVYRE'5_%Q VYR_ .V:R^]`08H:`57a_ ]`08H C$SU\R`V]^5CVJ$ .^]`08H C$SU__37ñ1]Q>? .;J.>? 1`1 V8 :GCV^]`08H C`57a57LR: :L]`08H C5`Q18J:IVY8`'5HQC8J:I VYRE'5_%Q VYR_ .V:R^]`08H C`57a_ 57
  58. 8/25/2009 Khûi 7õng SaTScan • Download tć •Install •Khûi 7õng NhÉpdċ liãu trong SaTScan 58
  59. 8/25/2009 59
  60. 8/25/2009 60
  61. 8/25/2009 61
  62. 8/25/2009 T½ob¿n 7ï có trung tâm dçch bÍng R sau khi 7ã có kÛtqu¿ tć SaTScan par(pty="s") polymap(ak.poly, xlab="Easting", ylab="Northing") points(prv.ctl$X,prv.ctl$Y, ]H.Y5HV6Y8 5HQCY) points(prv.cas$X,prv.cas$Y, pch=16 5HV6Y8 5HQCY) cluz <- seq(0, 2*pi, length=1000) clux <- sin(cluz) cluy <- cos(cluz) polygon((clux*2.60)+20.0637, (cluy*2.60)+16.6265, col=4, dens=0, lwd=3) polygon((clux*1.71)+23.3591, (cluy*1.71)+22.0043, col=4, dens=0, lwd=3) 62